Comment calculer, verser et déclarer les IJSS ?

Les indemnités journalières (IJ) sont versées par l'Assurance Maladie pour compenser le salaire d’un collaborateur pendant un arrêt de travail.

Tout salarié en arrêt de travail a droit à des indemnités journalières (IJSS) versées par la Sécurité Sociale. Ces indemnités sont versées par le régime d'assurance maladie du salarié arrêté (CPAM : Caisse primaire d'assurance maladie, MSA : Mutualité sociale agricole...).

Qu’est-ce que les IJSS (Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale) ?

Les IJSS sont des indemnités versées par la Sécurité Sociale en cas d’arrêt de travail d’un salarié. Cette indemnité compense la perte de salaire due à la suspension de l’activité du collaborateur pendant cet arrêt. 

Un salarié peut percevoir des IJSS dans les cas suivants :

• Arrêt de travail : pour maladie, maladie professionnelle, accident du travail ou de trajet, cure thermale ;
• Temps partiel thérapeutique : qui correspond à la reprise du travail à temps partiel pour motif thérapeutique ;
• Congé maternité et assimilés : maternité, pathologique prénatal et postnatal, paternité, adoption, accueil de l’enfant.

Toutefois, cette indemnisation par la Sécurité sociale n’est pas accordée automatiquement. L’employeur doit déclarer cet arrêt à la CPAM, ce qui permet à la Sécurité sociale de calculer le montant des indemnités journalières à verser au salarié. 

Comment fonctionne le versement des IJSS ?

En principe, les indemnités journalières de Sécurité Sociale sont versées par la Sécurité Sociale et plus précisément par la CPAM (Caisse primaire d’Assurance Maladie) du département du domicile du salarié, directement à celui-ci. Néanmoins, elles peuvent également être versées directement à l’employeur en cas de subrogation.

Dans quel cas les IJSS doivent-elles figurer sur une fiche de paie ? Qu’est-ce que la subrogation ?

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IJSS avec subrogation sur la fiche de paie ?

L'employeur peut demander la subrogation, uniquement s'il garantit le maintien total ou partiel de la rémunération du salarié arrêté. Dans ce cas, c’est l’employeur qui verse les IJSS au salarié et la CPAM les reverse à l’employeur (et non pas directement au salarié).

Les IJSS subrogées doivent alors figurer sur la fiche de paie au niveau des revenus de remplacement.

IJSS non subrogées sur la fiche de paie ?

Les IJSS non subrogées ne figurent pas sur la fiche de paie du salarié car le paiement des IJSS est effectué par la CPAM.

Cependant, l‘employeur doit faire figurer une retenue sur salaire pour absence sur le bulletin de salaire. 

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Comment calculer les IJSS en 2025 ?

Les indemnités journalières sont égales à 50 % du salaire journalier de base. Le salaire pris en compte pour les calculer est plafonné à 1,4 fois le montant du Smic en vigueur, lors du dernier jour du mois qui précède l'arrêt.

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Le salaire journalier de base est égal au total des 3 derniers salaires bruts perçus avant l'arrêt de travail, divisé par 91,25.

Calcul des IJSS maladie à compter du 1er avril 2025 pour un salaire inférieur ou égal à la limite de 1,4 fois le SMIC

Jusqu'à un salaire mensuel de 2 522,52€ (1,4 fois 1 801,80€), les indemnités journalières se calculeront pour les arrêts de travail débutant à compter du 1er avril 2025 de la manière suivante :

• Salaire journalier de base = total des salaires bruts des 3 derniers mois / 91,25 ;
• Indemnités journalières = salaire journalier de base x 50%.

Calcul des IJSS maladie à compter du 1er avril 2025 pour un salaire supérieur à 1,4 fois le SMIC

Les IJSS seront plafonnées et limitées au montant obtenu pour un salaire maximum de 2 522,52€ par mois sur la base de la valeur du SMIC applicable depuis le 1er novembre 2024 et pour les arrêts de travail débutant à compter du 1er avril 2025.

Le plafond des indemnités journalières sera fixé à 41,47€ par jour d'absence indemnisé pour les interruptions de travail intervenant à compter du 1er avril 2025.

Calcul des IJSS avec ou sans subrogation

Calcul des IJSS sans subrogation 

Si l'employeur ne recourt pas au mécanisme de subrogation, il doit simplement déduire du salaire la somme correspondant à l'absence pour maladie.

Calcul des IJSS avec subrogation

Les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale que l'employeur reçoit pour le compte du salarié dans le cadre de la subrogation de salaire doivent être enregistrées dans la paie. Cela permet de réduire le montant brut de l'indemnité complémentaire versée par l'employeur et de rembourser au salarié le montant net des IJSS.

Dans le cadre de la subrogation par l’employeur, ce dernier n’a pas à déduire de cotisations sociales sur les IJSS pour les faire passer d’IJSS brutes à nettes.

En effet, ces dernières sont exonérées de cotisations sociales. La Sécurité sociale déduit directement la CSG et la CRDS des IJSS brut, et indique ainsi le montant net à verser au salarié par l’employeur via le bordereau de paiement des indemnités journalières .

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Comment calculer les IJSS pour un arrêt de travail en cas de maladie ?

Les IJSS sont calculées en fonction des 3 derniers mois de salaire bruts précédents l’arrêt de travail.

Le salaire journalier servant de base au calcul de l’IJSS est déterminé en prenant 1/91,25 du montant de ces 3 derniers mois.

Chacun de ces 3 derniers mois ne doit pas dépasser 1,4 SMIC mensuel.

Le montant de l’IJSS maladie est calculé en prenant 50% du salaire journalier.

On calcule l’IJSS ainsi :

• Salaire journalier = 3 derniers salaires bruts / 91,25 jours ;
• IJSS Brute = Salaire journalier x 50 % ;
• IJSS nette = IJSS brute – 6,7 % de l’IJSS brute.

Comment calculer les IJSS en cas d’arrêt de travail pour maladie professionnelle ou accident du travail ?

Dans ce cas, les IJSS sont calculées en fonction du dernier mois de salaire brut précédent l’arrêt de travail.

Pour déterminer le salaire journalier de base, on divise ce salaire par 30,42 (nombre de jours moyens pas mois).

• Les IJSS seront égales à une partie (pourcentage) du salaire journalier de référence qui a été calculé. Ce pourcentage varie selon la durée de l’arrêt maladie et dans la limite d'un montant appelé gain journalier net (le salaire journalier moins 21 %).
• Le salaire journalier de référence varie en fonction de la durée de l’arrêt. Ainsi, le montant des IJSS est calculé de manière différente entre et les 28 premiers jours et à partir du 29e jour.
• Salaire journalier net : correspond à 1/30,42 du salaire du mois précédent, diminué d'un taux forfaitaire de 21 %.

On calcule l’IJSS ainsi :

• Pour les 28 premiers jours : IJSS = salaire journalier  / 30.42 jours x 60 %

Les indemnités journalières sont plafonnées à 220,14 €.

• À partir du 29^ème jour : IJSS = salaire journalier / 30,42 jours X 80 %

Les indemnités journalières correspondent à 80 % du salaire journalier de référence pour l'arrêt de travail à partir du 29ème jour.

Le salaire journalier net correspond à 1/30,42 du salaire du mois précédent, diminué d'un taux forfaitaire de 21 %.

Les indemnités journalières sont plafonnées à 293,51 €.

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Comment calculer les IJSS en cas d’arrêt de travail pour maternité ?

Les IJSS sont calculées sur le salaire journalier des 3 derniers mois de salaire précédents le congé maternité.

Le salaire journalier servant de base au calcul de l’IJSS est déterminé en prenant 1/91,25 du montant de ces 3 derniers mois.

Chacun de ces 3 derniers mois ne doit pas dépasser le Plafond Mensuel de Sécurité Sociale (PMSS 2025 = 3 925 €).

Afin d’avoir une indemnité journalière nette, il convient de soustraire au salaire journalier de base brut un taux forfaitaire de 21 %.

L’assurance maladie a prévu un simulateur pour calculer les indemnités journalières en fonction des différents cas d’arrêt pour maternité.

La durée d’affiliation requise pour ouvrir droit aux IJSS pour les congés maternité, paternité ou adoption 

Depuis le 1er septembre 2023, la période d'adhésion nécessaire pour être éligible aux IJSS est réduite à 6 mois pour les congés de maternité, de paternité ou d'adoption, par rapport à la durée antérieure de 10 mois.

Pour rappel, la durée d'affiliation à la Sécurité sociale requise est calculée en fonction de la date présumée de l'accouchement (pour les IJSS de maternité) ou de la date d'arrivée de l'enfant au foyer, ou encore du congé de paternité et d'accueil de l'enfant.

Suppression de la revalorisation de IJSS

Depuis le 1er juillet 2020, si l'arrêt de travail est supérieur à 3 mois, les IJSS ne sont plus revalorisées (dans la limite du montant brut maximum) en cas d'augmentation générale des salaires.

Ainsi, pour les arrêts maladies prescrits depuis le 1er juillet 2020 (et les arrêts de travail prescrits avant cette date dont la durée n’a pas atteint 30 jours consécutifs au 1er juillet 2020), la revalorisation est remplacée par une modulation dépendant des résultats financiers du régime d’assurance maladie.

Qui déclare les IJSS ?

Les IJSS, quelle que soit leur origine, sont déclarées à l’administration fiscale par la CPAM (Caisse Primaire d’Assurance Maladie).

Ainsi, le montant des IJSS perçues par l’employeur dans le cadre de la subrogation ne doivent pas être réintégrées dans le salaire net imposable transmis à l’administration fiscale par l’intermédiaire de la DSN (y compris pour celles qui doivent être intégrées dans la base de calcul du prélèvement à la source).

Les IJ sont pré-remplies dans la déclaration de revenus (catégorie ligne « Revenus d’activité »).

En pratique, le montant prérempli sur la déclaration du salarié doit correspondre à celui des salaires (déclarés par l’employeur), qui ne tient pas compte des indemnités journalières, plus ces indemnités (déclarées par l’Assurance-maladie).

Les indemnités journalières versées aux salariés sont en principe imposables dans la catégorie des traitements et salaires. Elles sont toutefois exonérées :

• En totalité en cas de maladie longue et coûteuse ;
• A hauteur de 50 % de leur montant en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle.

Chaque contribuable doit vérifier les montants reportés et les corriger en cas d'erreur.

Exemple fiche de paie avec IJSS avec subrogation

Ci-dessous bulletin de paie sur lequel apparaissent des IJSS pour congé maternité avec maintien de salaire et subrogation. Le principe est le même avec les arrêts maladie.

Ci-dessous le bordereau de versement des IJSS de la CPAM

Comment calculer le taux de remplacement en cas d'arrêt de travail